अटल बिहारी वाजपेयी और नरेंद्र मोदी का फाइल फोटो
पार्टी प्रमुख के रूप में नायडू भी मोदी के पक्ष में थे। मुंबई में 130 सदस्यीय राष्ट्रीय कार्यकारिणी ने इस रुख का समर्थन भी किया था। मनाली में जहां उन्होंने वाजपेयी से मुलाकात की, नायडू ने मीडिया से कहा कि मोदी से इस्तीफा मांगने का कोई सवाल ही नहीं है। किताब में दर्ज है कि “जब वाजपेयी दिल्ली लौटे, तो उन्होंने नायडू से कहा… कि वह एक पार्टी मंच पर अपने विचार व्यक्त करना चाहते हैं, क्या प्रधानमंत्री को अपनी राय बताने का अधिकार भी नहीं है?''