विशेष एनआईए कोर्ट ने पूर्व बीजेपी सांसद प्रज्ञा सिंह ठाकुर द्वारा महाराष्ट्र एंटी-टेरेरिज्म स्क्वॉड (एटीएस) के अधिकारियों पर यातना और दुर्व्यवहार के आरोपों को खारिज कर दिया है। कोर्ट ने कहा कि ठाकुर के इन दावों का समर्थन करने के लिए कोई सबूत पेश नहीं किया गया। विशेष कोर्ट ने तीन दिन पहले मालेगांव ब्लास्ट केस 2008 में अपना फैसला सुनाया है। इसमें सभी सात आरोपियों को बरी कर दिया। जिसम प्रज्ञा सिंह ठाकुर और कर्नल पुरोहित प्रमुख हैं।
विशेष जज ए.के. लाहोटी ने अपने 1000 पेज के फैसले में कहा कि ठाकुर ने दावा किया था कि उन्हें एटीएस द्वारा अवैध हिरासत में लिया गया, बेरहमी से पीटा गया और यातना दी गई, जिसके कारण उन्हें आज भी स्वास्थ्य समस्याओं का सामना करना पड़ रहा है। हालांकि, कोर्ट ने माना कि ठाकुर को गिरफ्तारी के बाद मजिस्ट्रेट कोर्ट में पेश किया गया था, लेकिन उन्होंने उस समय दुर्व्यवहार की कोई शिकायत नहीं की। सुप्रीम कोर्ट के एक पुराने आदेश का हवाला देते हुए, कोर्ट ने कहा कि ठाकुर ने उपलब्ध कानूनी उपायों का उपयोग किया था, लेकिन उनके पक्ष में कोई नतीजा नहीं निकला।
कोर्ट ने यह भी नोट किया कि ठाकुर के वकील ने तर्क दिया था कि सुप्रीम कोर्ट का फैसला गवाहों के बयानों से पहले का था, और नए सबूतों पर विचार किया जाना चाहिए। लेकिन जज ने कहा, "मेरे संज्ञान में कोई सबूत नहीं लाया गया, इसलिए मैं इन दावों को स्वीकार करने के लिए इच्छुक नहीं हूं।"
इसके अलावा, कोर्ट ने एटीएस द्वारा जब्त किए गए सामानों के सबूतों पर भी सवाल उठाए, जिसमें दावा किया गया था कि ठाकुर के स्वामित्व वाली मोटरसाइकिल विस्फोट में इस्तेमाल हुई थी। कोर्ट ने कहा कि यह कहानी "विश्वास करने योग्य नहीं" है कि एक आरोपी खुद को फंसाने के लिए सामान अपने पास रखेगा।
मालेगांव बम विस्फोट 29 सितंबर 2008 को हुआ था, जिसमें छह लोग मारे गए थे और 100 से अधिक घायल हुए थे। इस मामले में ठाकुर सहित सात आरोपियों को हाल ही में बरी कर दिया गया था, क्योंकि अभियोजन पक्ष उनके खिलाफ विश्वसनीय सबूत पेश करने में विफल रहा।
ठाकुर ने कोर्ट में कहा, "मैंने शुरू से कहा था कि मुझे बिना किसी आधार के जांच के लिए बुलाया गया और अवैध रूप से 13 दिनों तक हिरासत में रखकर यातना दी गई। मैं एक सन्यासी का जीवन जी रही थी, लेकिन मुझे आतंकवादी करार दिया गया। इन आरोपों ने मेरी जिंदगी बर्बाद कर दी।"
हालांकि, कोर्ट ने गवाहों के बयानों में विरोधाभासों का जिक्र किया और कहा कि एटीएस और एनआईए की जांच में कई खामियां थीं। कुछ गवाहों ने दावा किया था कि उन्हें धमकाया गया और गलत बयान देने के लिए मजबूर किया गया, लेकिन कोर्ट ने माना कि इन दावों को साबित करने के लिए पर्याप्त सबूत नहीं थे।
इस फैसले के बाद, एनआईए ने कहा कि वे विस्तृत फैसले की प्रति का अध्ययन करने के बाद अपील दायर करने पर विचार करेंगे। वहीं, पीड़ितों के परिवारों ने इस फैसले पर निराशा जताई है, क्योंकि उन्हें लगता है कि 17 साल बाद भी इंसाफ नहीं मिला।