राष्ट्रीय विज्ञान पुरस्कार विशेषज्ञों द्वारा चुने गए वैज्ञानिकों को दिया जाना चाहिए या फिर किसी मंत्री की मनमर्जी पर? क़रीब 200 वैज्ञानिकों की आपत्ति से कुछ इसी तरह के सवाल खड़े होते हैं। सरकार ने जब नवगठित राष्ट्रीय विज्ञान पुरस्कार की घोषणा की थी तब कहा था कि प्रधान वैज्ञानिक सलाहकार की अध्यक्षता वाली राष्ट्रीय विज्ञान पुरस्कार समिति यानी आरवीपीसी पुरस्कार विजेताओं की पहचान करेगी। लेकिन अब सिफारिश मंत्री के पास भेजने के प्रावधान को लेकर आपत्ति जताई गई है।